Oznacza to, że pociągi dalekobieżne nie kursują do Zakopanego - na odcinku od Krakowa kursują autobusy zastępcze. Na trasie Szaflary - Zakopane kursują pociągi lokalne. Od 18 września zostaną one wydłużone do Nowego Targu. Między Suchą Beskidzką a Szaflarami także uruchomiono komunikację zastępczą. Kompleksowa przebudowa linii Kraków - Zakopane zakończy się dopiero w 2023 roku.