Jak podaje słynny popularyzator Tatr i Pienin oraz autor przewodników, Józef Nyka, nazwa Dunajec jest zdrobnieniem nazwy Dunaj, co niegdyś miało oznaczać ogólnie każdy ciek lub niewielki zbiornik wodny i funkcjonuje od XIII w. To określenie było zresztą często spotykane na ziemiach polskich w okresie średniowiecza.

Dunajec powstaje w Nowym Targu z połączenia dwóch rzek:

• Czarnego Dunajca – powstaje w miejscu połączenia Siwej Wody i Kirowej Wody, które wypływają odpowiednio z Doliny Chochołowskiej i Doliny Kościeliskiej.
• Białego Dunajca – tworzą go łączące się w Poroninie potoki Zakopianka i Poroniec, których bieg rozpoczyna się na Pogórzu Gliczarowskim (część Pogórza Spisko-Gubałowskiego).

Ciekawostką jest, iż nazwa Czarnego Dunajca według podań ma pochodzić od jego wód zabarwionych torfem (rzeka przepływa w rejonie torfiastych Puścizn Orawskich). Pieniący się i znacznie czystszy Biały Dunajec sprawiał zupełnie inne wrażenie – stąd też jego nazwa.

Nieopodal Nowego Targu, w rejonie, w którym do Dunajca uchodziła Białka, w 1997 r. ukończono budowę sztucznego zbiornika wodnego – Jeziora Czorsztyńskiego. Przed zalaniem tego rejonu Dunajec tworzył w tym miejscu widokowy przełom, zwany Przełomem Czorsztyńskim. Obecnie ten rejon stanowi bardzo popularne miejsce wśród turystów ze względu na możliwość uprawiania tu sportów wodnych, udania się na rejs promem lub zwiedzenia okolicznych zamków w Czorsztynie i Niedzicy.

Od Niedzicy Dunajec aż do rejonu przystani flisackiej koło Leśnicy stanowi fragment granicy polsko-słowackiej. Tutaj też mamy najsłynniejszy odcinek rzeki, którym jest Pieniński Przełom Dunajca. To właśnie tu od XIX w. organizowane są słynne spływy, a wzdłuż brzegu ciągnie się przepiękna Droga Pienińska, z której każdego roku korzystają liczni turyści piesi oraz rowerzyści. Pieniński Przełom Dunajca kończy się w okolicy Szczawnicy. Nieopodal, za Krościenkiem nad Dunajcem, w miejscowości Tylmanowa, mamy także Zielony Przełom Dunajca. Ze względu na przyrodniczą wartość tego miejsca w 1964 roku utworzono tu rezerwat „Kłodne nad Dunajcem”.

Dunajec płynie następnie ku północy, mijając Stary Sącz i Nowy Sącz, na pograniczu których do naszej rzeki wpada powstający w Tatrach Poprad. Za Nowym Sączem Dunajec opuszcza Beskidy, przez które płynął już od Krościenka nad Dunajcem, zaś wpływa na teren pogórzy, oddzielając Pogórze Rożnowskie od Pogórza Wiśnickiego. Tu też znajduje się Jezioro Rożnowskie, którego rozpoczęty w czasach II Rzeczypospolitej projekt sfinalizował niemiecki okupant w 1941 roku. Do dziś ma bardzo ważną funkcję energetyczną (na zaporze w Rożnowie znajduje się elektrownia wodna) i rekreacyjną – w okolicy znajdziemy spore zaplecze turystyczne. Nieco dalej znajduje się inny sztuczny zbiornik, a mianowicie Jezioro Czchowskie. Za nim z kolei robi się coraz bardziej płasko, zaś Dunajcem docieramy do Tarnowa. Swój bieg rzeka kończy w Opatowcu w województwie świętokrzyskim, gdzie wpada do Wisły.

Warto wskazać, że wzdłuż Dunajca przechodził w minionych wiekach bardzo ważny szlak handlowy, biegnący w kierunku Węgier. O jego doniosłości mogą świadczyć liczne ruiny zamków, które pojawiają się po drodze. Dziś doceniany jest przede wszystkim z uwagi na jego niezwykłe walory estetyczne.

Ważne miejscowości, leżące nad Dunajcem:

Nowy Targ
Niedzica
Czorsztyn
Szczawnica
Krościenko nad Dunajcem